Autofagosom to kulista struktura otoczona podwójna błoną. Uczestniczy w makroautofagii, wewnątrzkomórkowym systemie degradacji zawartości cytoplazmatycznej (np. nieprawidłowych białek, nadmiernych lub uszkodzonych organelli, mikroorganizmów). Autofagosomy dostarczają do lizosomów składniki cytoplazmatyczne do usunięcia.