Otręby owsiane to doskonała pożywka dla pożytecznych bakterii jelitowych. Ukryta w nich skrobia oporna podlega fermentacji w jelitach przede wszystkim przez takie dobroczynne szczepy bakterii jak Ruminococcus bromii oraz Bifidobacterium adolescentis (których zadaniem jest wstępna obróbka skrobi opornej i przygotowanie jej do przetworzenia przez inne szczepy bakterii) i inne bakterie szczepu Bifidobacterium, jak też szczepów Akkermansia muciniphila, Roseburia, i Faecalibacterium. Ponadto otręby owsiane, poprzez zdolność wspierania zdrowej mikroflory jelitowej, pośrednio przyczyniają się do wydajniejszego działania hormonu GLP-1 (tzw. hormonu sytości) w naszym organizmie.