W ramach przeprowadzanych analiz, wiele zespołów badawczych zwróciło uwagę na częste u autystów epizody antybiotykoterapii i/lub hospitalizacji z powodu objawów ze strony układu trawiennego, a także niestandardowe nawyki żywieniowe czy wręcz (liczne) nietolerancje pokarmowe. Bliższe badania wykazały, iż faktycznie, spora cześć autystów wykazuje specyficzny skład flory jelitowej, co pozostawało pozytywnie skorelowane z intensywnością obserwowanych objawów. Inni autorzy zaznaczali, iż nieszczelne jelita umożliwiają przenikanie do organizmu neuroaktywnych endotoksyn LPP (lipopolisacharydów), które zwiększają z kolei aktywność ciała migdałowatego, kontrolującego nasze emocje i niektóre zachowania.